Fundando em 2001 pelo ex-jogador Luís Carlos Tóffolli, mais conhecido como Gaúcho, que atuou em times como Palmeiras e Flamengo, o Cuiabá iniciou sua trajetória no futebol apenas investindo nas categorias de base. Ingressou no futebol profissional em 2003 e de cara conquistou o bicampeonato estadual no Campeonato Matogrossense. 

Após um período de problemas em 2006, o clube retornou às glórias em 2009, quando subiu novamente para a primeira divisão do estadual. Daí vieram mais três conquistas: 2011, 2013 e 2014. 

Nesta toada de sucesso, o auge do Cuiabá veio em 2015. Em pouco mais de 10 anos, o Dourado, como é conhecido o Cuiabá, conquistou seu primeiro título fora dos limites de seu estado: a Copa Verde 2015. De quebra, o troféu veio de maneira histórica. Uma virada em cima do Remo com direito a vitória por 5 a 1 no segundo jogo da decisão. Para completar a alegria, a vitória ainda garantiu o clube na Sul-Americana 2016.

Em competições nacionais, o Cuiabá também vem mostrando que tem potencial para ir longe. Em 2011, ficou na terceira colocação da Série D do Campeonato Brasileiro, o que lhe garantiu acesso à Série C no ano seguinte. Divisão que a equipe continua disputando. Em 2015, estreia diante do Vila Nova-GO, em Goiânia, no dia 17 de maio. 

O Cuiabá conta com a Arena Pantanal, com capacidade para mais de 40 mil torcedores e uma estrutura impecável, para mandar seus jogos. Já a alcunha "Dourado" é uma referência ao seu mascote, o peixe de Dourado, "típico de água doce da região mato-grossense, conhecido pela sua valentia", segundo o site oficial do clube. 

O presidente da CBF, Marco Polo Del Nero, parabeniza os torcedores, jogadores, comissão técnica, dirigentes do Cuiabá pela conquista.