Clube de história recente no futebol brasileiro, o Metropolitano-SC foi fundado no dia 22 de janeiro de 2002 na cidade de Blumenau. Um grupo de amigos decidiu se juntar para resgatar o futebol blumenauense. A meta de chegar à elite catarinense foi alcançada. Desde então, o time das cores branco e verde buscou novos objetivos, como participar de campeonatos nacionais.

Curiosamente, o primeiro título do Metropolitano foi conquistado em terra estrangeira. O clube foi convidado a participar de uma competição na Áustria, o Torneio Internacional Centenário do FC Lustenau, e acabou voltando para casa com o troféu na mão.

O Verdão do Vale estreou na Série C em 2008 e Série D em 2010, competição que segue disputando. No último Ranking de Clubes CBF, publicado no fim de 2016, o Metropolitano apareceu como 80º colocado.